琉璃，作为佛教“七宝”之一，是一种天青色的半透明宝石，并非通常所认为的彩色水晶玻璃。我们看到很多药师佛的造像，都是蓝色通体透明的，令人有纯净安宁的感觉。

药师殿当然是供奉药师佛，参考前面，殿内两边的十二尊塑像是药师佛的十二位弟子，号称“药童”，又称“药叉神将”。

主供东方净琉璃世界药师佛，左右胁侍为日光、月光两菩萨。殿中莲台座上结跏趺坐的药师佛使众生离苦得乐，解除病痛和灾害；左边站立日光菩萨，手托太阳，象征着光明；右边站立月光菩萨，手托月亮，象征着清凉。

药师佛左手持药钵，右手结无畏印。他在因地修行时，曾发十二个大愿。其中第六、七愿就是使众生远离各种身心病苦。药师如来身着通肩式袈裟，结跏趺坐于莲花台，一手结禅定印捧着药师琉璃塔，正象征药师如来的十二大愿：令一切有情解脱恶王劫贼等横难、使众生饱满所欲而无乏少、除一切众生病苦，另一手结与愿印，满一切众生之愿。令身心吉祥安乐、游履菩提正路。

药师佛现身为东方净琉璃世界之教主。此界地为净琉璃所敷成，城阙、宫殿等也都由七宝所成。其国土中无诸染欲、亦无三恶趣等苦恼。十二神将在药师如来前一心发愿：当荷负一切众生为作义利、饶益安乐。若流布此经、若持此药师琉璃光如来名号，亲近供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难，诸有所求悉令满足。

一切佛菩萨都是药师，皆能应众生病与药。药师如来 (Bhaisajya Guru Buddha) 行菩萨道时体察众生常处于国界不安，身心困苦之境，于是立下十二大愿，誓解众生眼前的病难，让众生皆能身心安泰，进而修行成道，究竟成佛。「琉璃」，是一种宝石，莹彻有光。药师如来十二大愿中之第二大愿：「愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍。」以琉璃照破欲界三有之黑闇，故特以「琉璃光」为名。